Dokumentační oddělení shromažďuje jednak písemnosti (vězeňská dokumentace, korespondence, rukopisy, soukromé písemnosti, vzpomínky bývalých vězňů), jednak obrazový materiál (fotografie a pohlednice), týkající se především dějin Terezína od jeho založení do roku 1945. Hlavní část tvoří materiály z období 2. světové války, pocházející z koncentračního tábora pro Židy – ghetta v Terezíně, policejní věznice gestapa v terezínské Malé pevnosti a koncentračního tábora v Litoměřicích. Menší soubory se vztahují k perzekuci českých občanů v dalších nacistických represivních zařízeních – např. v koncentračních táborech Sachsenhausen, Buchenwald, Mauthausen, Osvětim, Flossenbürg, Dachau a jejich pobočkách.
Starší dějiny Terezína (do roku 1939) jsou ve sbírce zastoupeny zejména obrazovým materiálem (soubory dobových pohlednic).
Sbírka byla ke dni 31.1.2011 tvořena 12830 inventárními čísly.
Pro badatele je k dispozici také knihovna, kde je možno prezenčně studovat odbornou literaturu. Knihovna obsahuje ke dni 31.1.2011 15360 knihovních jednotek. Oddělení sídlí v Malé pevnosti v budově tzv. Panského domu.