Vznikl uměle, až po osvobození v roce 1945. Podnět k jeho zřízení vyšel z řad bývalých vězňů a pozůstalých, na jejichž žádost byly exhumovány tělesné ostatky vězňů z šesti hromadných hrobů na šancích Malé pevnosti, kam se pohřbívalo v období od 1.3. do 7.5.1945. Mezi exhumovanými byli i vězni z pochodů smrti, kteří v květnových dnech roku 1945 přišli do Malé pevnosti.
Dne 16. září 1945 se pak za účasti bývalých vězňů, pozůstalých, čestných představitelů politického a veřejného života poválečného Československa a široké veřejnosti konal slavnostní pohřeb všech 601 exhumovaných obětí. (Tohoto pohřbu se např. zúčastnil ministr zahraničních věcí Jan Masaryk a JUDr. Milada Horáková, která promluvila za vězněné ženy.) Od skončení války se Terezín stal poutním místem československého lidu. K prvnímu výročí osvobození se na Národním hřbitově konala 12.5.1946 vzpomínková slavnost. Součástí programu byl pohřeb exhumovaných obětí ze společného hrobu v Lovosicích, z hromadných hrobů nalezených v prostoru koncentračního tábora v Litoměřicích a z obecního hřbitova v Terezíně.
Do společného hrobu na Národní hřbitov byl také uložen popel 52 vězňů popravených 2.5.1945 v Malé pevnosti. Dále sem byly přemístěny do jednotlivých hrobů urny obětí tyfové epidemie z terezínského krematoria a rovněž popel vyzvednutý z velké jámy v jeho blízkosti. Jednalo se z velké části o zemřelé z terezínského ghetta.
Ještě v roce 1958 byl při stavebních pracích v blízkosti bývalé podzemní továrny Richard nalezen hrob s lidským popelem. Bylo zjištěno, že se jedná o pozůstatky židovských vězňů z terezínského ghetta. Rovněž tento nález byl pochován na Národním hřbitově.
V současné době seč na Národním hřbitově nachází 2 386 jednotlivých hrobů (urnových nebo kosterních). Další tisíce zemřelých z Malé pevnosti, terezínského ghetta, koncentračního tábora v Litoměřicích, ale i těch, kteří do Terezína přišli na konci války pochody a transporty smrti, jsou pochovány ve společných hrobech označených pěti pylony. Celkem se na Národním hřbitově nacházejí ostatky asi 10 000 obětí.